Karakterisering af den bakterielle luftvejsflora hos 63 børn med cystisk fibrose ved hjælp af deep sequencing – Et dansk kohortestudie

Med dette studie ønskede vi at benytte DNA-baserede metoder til at beskrive den bakterielle luftvejsflora hos børn med cystisk fibrose. På de danske børneafdelinger er det klinisk praksis, uanset symptomer, at sende luftvejssekret fra børn med cystisk fibrose til mikrobiologisk undersøgelse en gang om måneden. Således kan vi danne os et indtryk af ændringer over tid i den mikrobielle luftvejsflora under antibiotisk behandling, ved klinisk excerbation og i klinisk stabile perioder.

Hidtil har metoden til mikrobiologisk bestemmelse været konventionel dyrkning, hvor prøver bliver sået ud på forskellige vækstmedier for bakterier, og herefter afventer man så eventuel vækst. I dette studie har vi suppleret dyrkning med en DNA-baseret identifikationsmetode – såkaldt deep sequencing. Vi har inkluderet 191 prøver fra 63 børn i alderen 0-10 år. Derudover har vi gennemgået patientjournaler og har således været i stand til at sammenholde hver prøve med klinisk status og antibiotikaforbrug før, under og efter prøvetagning.

Ved dyrkning fandt vi bakterierne Stafylokokkus aureus i 35% af prøverne, Haemophilus influenzae i 31%, Moraxella cartarrhalis i 15%, Pseudomonas aeruginosa eller Achromobacter i 9%. Når vi benyttede os af deep sequencing fandt vi en langt mere kompleks mikrobiologisk sammensætning end ved konventionel dyrkning både under klinisk excerbation og i klinisk stabile perioder. Forbrug af antibiotika forud for prøvetagning havde en tendens til at nedbringe diversiteten af den bakterielle luftvejsflora. I skrivende stund er vi i gang med at analysere vores sekventeringsdata yderligere og sammenholde denne med klinisk status og antibiotikaforbrug på prøvetagningstidspunktet.

Deep sequencing giver hos et unikt indblik i kompleksiteten af luftvejsfloraen hos børn med cystisk fibrose. En dybdegående viden om sammenhængen mellem fund gjort ved deep sequencing og den enkelte patients kliniske tilstand og behandling er nødvendig, før metoden bliver relevant i diagnostikken af bakterielle infektioner hos børn med cystisk fibrose.

Se videopræsentation: